Universitas Negeri Papua - berkedudukan di Manokwari yang berdiri pada tanggal 3 November 2000 terdiri dari fakultas pertanian dan teknologi pertanian, fakultas peternakan, perikanan dan ilmu kelautan, fakultas kehutanan, Fakultas MIPA, fakultas ekonomi dan fakultas sastra.
Universitas Pattimura - Didirikan pada tanggal 23 April 1963 terletak di bagian Utara kota Ambon, ibukota Provinsi Maluku dan memiliki 3 program akademik yaitu Program Diploma, Program Sarjana, dan Program Pasca Sarjana
